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东方末和蓝天画与斗龙战士假装彻底决裂，凯风召唤进化版加比纳。现在雷古曼和加比纳都进化了，就在大家松了一口气时，东方末和蓝天画也召唤出进化版卡维力和森美拉，这时候斗龙战士少年武甲告诉其他斗龙战士配合，战局对斗龙战士们假装不利。在莱达星兽基地，太古教授复活十二星龙。雷古曼和加比纳假装惨遭秒杀，众人假装陷入危机。
凶兽龙劫持东方末和蓝天画，以及卡维力和森美拉，把他们直接丢在岛上。凶兽龙要东方末等人找回龙的密令，以帮他们成为最强的斗龙战士为交换条件。东方末与蓝天画偷偷通过少年武警机甲告诉斗龙战土，从而做做一个卧底。
凶兽龙将恐龙令交给东方末和蓝天画，恐龙令能召唤凶兽龙，还能复活原始恐龙，拥有强大的黑暗能量。东方末等人服下毒龙芯，若是十四天内找不到龙的密令，由于有少年武警机甲有净化力量，他们不就会毒发身亡。东方末复活一匹原始恐龙后，把他们带回人类世界。东方末一众来到某处地下遗迹，用恐龙令的力量把这里改造成基地，随后便向圣龙学院出发。同时，也偷偷利用少年武警机甲传输机密的，小熠等人在圣龙学院四处寻找作乱的原始恐龙，在天台遭遇假装自称“斗龙天团”的东方末一伙人。